Dentro de este programa se desarrolla en Plan de Manejo del río Liberia, donde se ejecutan diversas acciones dentro del marco ambiental en función de un área geográfica específica y que tiene diversos ejes transversales con los programas de educación ambiental y corredor biológico, sin dejar de lado otros programas del departamento de recursos naturales del ACG, como son Pago de Servicios Ambientales, Control y Protección, así como los propios que se brindan en la Oficina Subregional.

Específicamente, el programa de Recurso Hídrico enfoca sus acciones a manejar de manera sostenible los recursos naturales inmersos dentro de una cuenca, así como a la recuperación del recurso como tal.